A paróquia é uma comunidade onde muitos colaboradores ajudam outros para que a vida e os serviços sejam uma experiência humana forte. A servi-la está uma equipa de sacerdotes e um diácono permanente. São ministros do Senhor, para O servir naquele amor que Ele tem por cada pessoa e O faz querer a cada um acolher como filho especial.
A primeira paróquia em Lisboa dedicada a santa Joana, Princesa foi criada a 11 de Fevereiro de 1770 pelo Cardeal D. Fernando de Sousa e Silva, na Igreja do Convento de Santa Joana, na cidade. Em 1780, este mesmo Cardeal substituiu o Orago da Paróquia pelo “Sagrado Coração de Jesus”, e a paróquia transferiu-se para a Igreja do Hospício das Carmelitas (Rua de Santa Marta). Em 1790, deu-se início à construção de uma nova Igreja Paroquial, que já no séc. XX foi demolida, para dar lugar à Igreja que hoje conhecemos, junto ao Marquês de Pombal.
Só muito mais tarde, a 25 de Março de 1959, foi criada a atual Paróquia de Santa Joana, Princesa em Lisboa. É importante recordar que esta Princesa de Portugal, filha de D. Afonso V e irmã de D. João II morreu em Aveiro, onde tem o seu túmulo, mas nasceu em Lisboa. Era imperioso que voltasse a haver uma paróquia dedicada a esta nossa infanta - para nós, princesa – na cidade onde nasceu e foi batizada e onde viveu pelos menos 20 anos.
Após o fim da II Guerra Mundial, os Senhores Condes de Almada, Dom Lourenço e Dona Helena, em ação de Graças por Portugal não ter entrado no conflito, e preocupados com a necessidade de haver uma Igreja para benefício espiritual das pessoas que aqui viviam e das muitas outras que viriam aqui viver, doaram ao Patriarcado de Lisboa um lote da sua quinta dos Lagares d’El Rei para a construção de uma Igreja dedicada a Santa Joana, Princesa. Foi pedido expresso dos doadores que se dedicasse a Igreja a Santa Joana, pois era grande a devoção da Família Almada por esta Santa portuguesa a quem a família, de algum modo estava ligada. Na verdade, D. Constança de Noronha, que foi Aia da Princesa, era a dona da quinta dos Lagares d’El Rei, e, assim, pelo casamento com D. Fernando de Almada, 2º Conde de Avranches, a quinta passou a ser propriedade desta família, que nela permanece até hoje.
Em razão do crescimento da Cidade nos anos 1940-1950, houve um grande desenvolvimento urbano da Cidade, o que levou o Patriarcado a decidir realizar uma remodelação paroquial de Lisboa, criando algumas novas paróquias a 25 de Março de 1959, entre as quais está a Paróquia de Santa Joana, Princesa. A sua área geográfica ficou limitada a norte pela Avenida dos Estados Unidos da América, a nascente pela Av. Gago Coutinho, a sul pela Av. Frei Miguel Contreiras e a poente pela Av. de Roma.
Quando foi fundada a paróquia ficou provisoriamente anexa à paróquia de São João de Deus, e só a 25 de Março de 1974 se tornou autónoma, por decreto do Senhor Cardeal-Patriarca D. António Ribeiro. Foi então nomeado como pároco o Rev.mo Padre Lereno Sebastião Dias. Contudo, por causa dos acontecimentos políticos desse ano, o Rev.mo Padre Lereno acabou por ser nomeado pároco de São João de Brito mantendo-se pároco de Santa Joana. Esta situação implicou que, na prática, implicava ser esta paróquia anexa da de São João de Brito.
Entretanto o Rev.do Padre Carlos Alberto de Sousa Ribeiro Guimarães, sacerdote do Patriarcado, e recentemente chegado a Lisboa depois de um tempo no Brasil, foi ajudar o Padre Lereno e por ele foi encarregue do cuidado pastoral desta paróquia. Juntamente com um grupo de leigos começou a organizar o que viria a ser o embrião das estruturas paroquiais. A missa dominical foi inicialmente celebrada na Escola Primária Teixeira de Pascoaes e a missa diária na capela das Irmãs de São José (hoje é das Filhas de Nossa Senhora das Dores). Desde logo se começaram a organizar a catequese e muitas actividades que visaram animar e evangelizar as pessoas que viviam nesta pequena parte da cidade. A 31 de Agosto de 1979 o Senhor Cardeal-Patriarca, D. António Ribeiro, nomeou o Padre Carlos Alberto como pároco, onde ficou até à data da sua morte em 1998. Durante todos esses anos foi-se construindo a comunidade dos fiéis e aos poucos, juntando algum dinheiro e projetando o que viria a ser a Igreja de Santa Joana e as instalações da paróquia.
A bênção da primeira pedra da que viria a ser a construção da nova Igreja de Santa Joana foi a 8 de Dezembro de 1980, mas a construção só viria a começar em 1998. Com a morte do Rev.do Padre Carlos Alberto é nomeado como pároco o Rev.mo Senhor Cónego João Rocha, que irá levar por diante toda a construção da Igreja e das instalações anexas. O projeto da Igreja e das instalações anexas é entregue ao Arq. Diogo Pimentel, coadjuvado pelos arquitetos Hugo Venade e Rita Falcão. Numa área de 3.579 m2 cedida pela Câmara Municipal de Lisboa, depois de negociações que envolveram a família Almada doadora do terreno, foi contruído numa primeira fase um complexo com mais de 17.000 m2 de construção que inclui: o Parque de estacionamento, o Centro Cultural, as Capelas Mortuárias, o Centro Pastoral Paroquial e a Igreja e mais tarde um Lar destinado a pessoas de idade cuja gestão está entregue à santa Casa da Misericórdia por um período de 70 anos.
A Igreja Paroquial foi dedicada a 30 de Maio de 2002 pelo Em.mo Senhor Cardeal-Patriarca de Lisboa, D. José da Cruz Policarpo. Desde então a paróquia cresceu, mas sempre com o desafio de obras que, na realidade só terminaram com a construção do Lar em 2012.
Com a idade, e já depois de ter deixado tudo finalizado, o Rev.mo Senhor Cónego João Rocha em 2014 pede ao Senhor Cardeal-Patriarca para ser dispensado do múnus de pároco e é então nomeado o Rev.mo Senhor Cónego Luís Alberto Martins de Carvalho, acumulando o encargo com o pároco de Nossa Senhora de Fátima.
A 11 de Novembro de 2018 toma posse como Pároco o Rev.mo Senhor Cónego Duarte Nuno Queiroz de Barros da Cunha, tendo a colaboração do Rev.do Padre Michael Valiyamurathankal. Nessa altura, a casa paroquial começou a ser usada como residência dos padres da paróquia, aos quais se veio juntar o Rev.mo Senhor Cónego João Maria Félix da Costa Seabra, que aqui continuou a sua missão sacerdotal com o mesmo fervor e entrega que todos lhe reconhecem, mesmo no meio da sua debilidade por doença. O Rev.mo Senhor Cónego João Seabra aqui veio a falecer no dia 3 de Junho de 2022.
No dia 22 de Setembro de 2024 a paróquia recebeu um novo pároco, o Rev.do Padre João Vergamota, o qual, juntamente com o Rev.do Padre Michael Valiyamurathankal, assiste com a graça sacramental e o acompanhamento espiritual todos quantos procuram nesta Igreja o encontro com Cristo, nosso Salvador.